El 6 de agosto de 1963 el entonces presidente de Bunge y Born, Sr. Jorge Born (abuelo del actual presidente de la Fundación Bunge y Born) anunciaba en una conferencia de prensa, la institución del Premio Fundación Bunge y Born y la creación de la Fundación homónima.

Desde entonces y hasta la actualidad numerosos y destacados científicos han recibido la distinción, muchos de ellos reconocidos internacionalmente.

El proceso de selección comprende las siguientes etapas: primero la Fundación Bunge y Born convoca a un Jurado integrando por calificados investigadores de la disciplina que se va a premiar, quienes tienen la inmediata responsabilidad de convocar a una Comisión Especial que lo asesore en la tarea de selección. Luego la Comisión Especial Asesora -compuesta también por entendidos en la disciplina a premiar- debe indagar en el ámbito científico de la Argentina los nombres de posibles precandidatos para las dos categorías del premio, que se destaquen por la excelencia de su trabajo, labor docente, liderazgo e innovación, proponiendo al Jurado una terna de aquellos que han calificado mejor. Finalmente el Jurado elige a los ganadores del Premio Fundación Bunge y Born y del Premio Estímulo a Jóvenes Científicos.